Una notizia certa della chiesa parrocchiale si ha nel 1566, nella relazione dei visitatori mandati dall'Arcivescovo Carlo Borromeo. In questo rapporto si parla del fatto che in mezzo al paese si stava fabbricando una chiesa dedicata alla Madonna Assunta. La chiesa veniva costruita ex elomosinis; c'era la campana, ma mancava il campanile; c'era il posto per quattro porte, ma non ancora le porta. San Carlo verrà in visita a Origgio il 20 aprile 1570; nel 1583 ordinerà che la chiesa di s. Maria diventi la nuova parrocchiale, in luogo di san Giorgio, anche perché la chiesa è più grande, come apprendiamo dalla relazione del 1684, quando giunse in visita a Origgio il card. Federico Visconti.
IL 24 gennaio 1596 giunge a Origgio mons. Albergato, visitatore per conto del card. Federico Borromeo, il quale assiste alla messa nella chiesa di s. Maria Assunta, poiché la chiesa di san Giorgio aveva subito un grave danno a causa del crollo del nuovo campanile. Intorno alla chiesa c'era un cimitero, ma non c'era sacrestia né abitazione per il parroco.
Nella seconda metà del '600 si sentì il bisogno di ampliare la chiesa. Ma nel 1664 la Chiesa non era comunque ancora divenuta parrocchiale, forse per la mancanza di un'annessa abitazione per il curato e del campanile.
Nel 1684 la chiesa è già detta dell'Immacolata, e non più dell'Assunta.
Il trasloco della Parrocchia da san Giorgio all'Immacolata avvenne il 1° agosto 1701. L'altare maggiore venne rifatto dopo il 19 novembre 1703, anno in cui la curia arcivescovile di Milano concesse il nulla osta ai lavori; che vennero probabilmente interrotti per mancanza di fondi, poiché nel 1740 non risultavano ancora ultimati! Il campanile non era ancora ultimato, ma portava già un piccolo concerto di tre campane e aveva un orologio che scandiva puntualmente le ore.
L'altare fu terminato prima del 22 aprile 1761, data della visita del card. Pozzobonelli. Inoltre nella relazione di questa visita si parla dei bei armadi di noce della sacrestia, uno dei quali portava lo stemma dei Borromeo e che tutt'oggi è presente in loco.
La chiesa venne notevolmente ampliata a partire dal 22 ottobre 1831, dopo che il parroco, don Simeone Decio, già da tempo aveva rilevato come ormai la stessa fosse assolutamente inadatta alla popolazione, ormai di anime 1378. I lavori furono completati verso il 1842e, dopo aver rinnovato la chiesa, gli origgesi vollero anche un nuovo organo, che fu pronto nel giugno del 1844.
Nel maggio 1891, parroco don Giuseppe Rossi si iniziano nuovi lavori di sistemazione della chiesa, compresa la soppressione di 4 cappelle per far posto ad altrettanti confessionali per le donne. Inoltre si aprono le porte sotto il pulpito e l'altre di fronte che ammette al campanile e alla sacrestia. Si cambiano i serramenti, si rinnovano l'imbiancatura e gli ornamenti, oltre a ripulire gli affreschi del Conconi. E' in questa occasione che le feste di luglio (Corpus Domini e SS: Reliquie) vengono spostate alla seconda domenica di settembre, che poi rimarrà quella della festa patronale, che in verità dovrebbe essere l'8 dicembre, Festa dell'Immacolata Concezione della Beata Vergine Maria.
Nel 1910 don Rossi pensa già all'ampliamento della chiesa parrocchiale, ormai insufficiente per la popolazione, di circa 2300 abitanti. Il 23 luglio dello stesso anno Origgio fu colpito da un terribile ciclone, che provocò gravi danni ai tetti e ai vetri. Ma fu solo nel 1912 che si pervenne ad una decisione e l'8 settembre, festa della Natività della Madonna, fu fissato come data di posa e benedizione della prima pietra dei lavori di ampliamento; si fondò anche un comitato per la raccolta dei fondi necessari ai lavori. La pietra venne deposta dal card. Andrea Carlo Ferrari alle ore 17 del giorno convenuto, in occasione della sua terza visita pastorale.  I lavori vennero sospesi per le festività di Natale e ripresi nel febbraio 1913. Dopo le feste pasquali fino al termine del marzo 1913 le funzioni vennero celebrate a s. Giorgio, mentre la chiesa parrocchiale veniva utilizzata solo nei giorni di festa.  I lavori furono sospesi a dicembre per riprendere nel febbraio 1914; l'allungamento venne terminato nell'agosto di quell'anno, ma la festa di Inaugurazione e Consacrazione fu rimandata a causa della guerra e delle opere non finite (porte, altare, organo, una cappella). Una grande festa venne tenuta il 26 e il 27 settembre 1920, dopo i dolori della guerra e l'epidemia  di nona o febbre letargica. Presenziò alla festa mons. Zucchetti, poiché il card. Ferrari era gravemente malato. 
Il 13 ottobre del 1939 vennero iniziati i lavori per innalzare i ponteggi necessari alla decorazione della chiesa parrocchiale; per tale scopo  il parroco don Ernesto Castiglioni fece abbattere, nei suoi terreni di proprietà familiare a Locate Varesino, 112 pini. I lavori furono affidati all'artista Antonio Pasetti di Arcisate, vincitore del concorso che era stato appositamente indetto. I lavori subiranno delle interruzioni a causa della malattia del Pasetti, ma ripresero nel 1941. Insieme ai lavori di decorazione si provvide ad un nuovo impianto di illuminazione elettrica, alla doratura della porticina del tabernacolo e dei vasi sacri, per i quali venne organizzata in paese una raccolta di oro.
Ulteriori lavori di sistemazione della chiesa parrocchiale furono eseguiti anche da don Cesare Catella tra gli anni '60 e gli anni '90, mentre l'attuale parroco, don Pierangelo Belloni, ha provveduto, tra il 2001 e il 2002, a far ripulire dall'umidità e dalla sporcizia tutte le pareti e le volte della chiesa, nonché all'installazione di mosaici all'esterno della chiesa e al suo interno.

Nella relazione del 1566 si parla anche di una chiesa nuova e bella dedicata a s. Maria, posta in mezzo alla campagna. Della chiesa si parla anche nella relazione del 1596 di mons. Albergato come di S. Maria ad Nemus, cioè al bosco.
La chiesa, come ricorda il padre cappuccino Domenico Borroni di Origgio nella sua Storia del santuario della Madonna del bosco in Origgio, (1945) sorge lungo la strada che conduce alla frazione Muschiona, al limitare dei boschi, per cui la Cappella dell'Addolorata venne popolarmente denominata Madonna del Bosco. Si tenevano processioni a questa cappella in occasione di siccità o altre calamità che colpivano il paese e vi si portavano, a tutte le ore del giorno e della notte, le persone provate nelle loro necessità materiali o spirituali. La cappella venne rovinata il 15 settembre 1934 da un asino, che spaventato dal rumore di un autocarro che transitava sull'autostrada, si infilò con il suo carretto sotto il piccolo portico della cappella, provocando la rottura di una delle colonne del portico, la caduta dell'altra colonna, il crollo del portico stesso, della facciata e di parte del tetto, mente rimase "miracolosamente" intatta la parete su cui era l'affresco della Madonna Addolorata.
I lavori di restauro vennero iniziati nel marzo 1935 e la nuova cappella fu inaugurata il 9 settembre 1935 con la benedizione di don Luigi Piazza, prevosto di Nerviano.
La festa di questo santuario viene celebrata ogni anno il 25 marzo, giorno dell'Annunciazione.
Attualmente non esiste più l'affresco originario, rubato da ladri sacrileghi, rimpiazzato con una copia, non proprio fedelissima, dell'originale.

Sempre nella medesima relazione si parla della chiesa di san Giorgio come della Parrocchiale. Ma chi fece costruire questa chiesa? La dedicazione a san Giorgio fa pensare al periodo longobardo. Comunque la prima menzione della chiesa risale al 21 gennaio 1181, in un contratto di vendita.
Anche nella Notitia Cleri Mediolanensis  del 1398 per Origgio si parla solo della "Cappella S. Georgii in Udrugio".
Nella relazione della visita pastorale di mons. Tarugi, avvenuta nel 1583, si legge che s. Giorgio si trovava un po' fuori dell'abitato, a un tiro di balestra. Questo può dare l'idea della dimensione del paese alle fine del XVI sec.
Nella relazione della visita pastorale del 1740 di mons. Rocco Lonato, delegato del card. Carlo Gaetano Stampa, la chiesa, ormai non più parrocchiale, viene descritta come trascurata, con il soffitto che necessitava di riparazioni.
Nella relazione della visita del card. Pozzobonelli (22 aprile 1761) si parla di san Giorgio come di una chiesa ormai cadente, tanto che l'arcivescovo suggerisce di abbatterla. Ma la chiesa non venne distrutta.
Importanti lavori di restauro vennero iniziati nell'aprile del 1938 e interessarono il tetto, il campanile e la sacrestia, tutti in stato di grave sfacelo.
Altri lavori vennero compiuti dal 27 aprile 1959 per levare il vecchio pavimento, lucidare i cassettoni, raschiare e tinteggiare le pareti; vennero anche coperti gli affreschi della cappella del crocifisso! Quest'ultimo fu fatto restaurare a Ponte di Legno dallo scultore Onorato Ferrari. L'inaugurazione avvenne il giorno di Natale del 1959.
Negli ultimi trent'anni si è provveduto ad ulteriori lavori, sia per recuperare gli affreschi coperti nel 1959, sia per mettere in sicurezza tutta la chiesa e soprattutto il campanile.